biomachine 的个人博客

忆世纪末中科院的科学革命时代

biomachine — Sun, 19 Jun 2011 09:02:43 +0000

众多周知，1999年-2000年国际系统生物学与合成生物学迅速兴起，随后的世纪之初，系统医学、系统遗传学、系统生物工程成为生命科学的前沿，涉及系统科学、计算机科学、微电子科学、纳米科学、生物科学、医药科学、工程科学等诸多学科领域，成为交叉与综合学科体系等同时，在不同的学院、系所，世界各国纷纷建立了研究中心，2007年英国工程院和医科院负责生物工程、生物医学工程的Kitney院士等公布了全球系统与合成生物学进展的长篇科技政策报告，并在相关讲演中提出可能导致第三次工业革莫道不消魂命。
我亲身经历和目睹了这一场新的科学革莫道不消魂命，那么它是如何发起又如何发展，中科院当时在世界科学舞台上扮演了什么样的角色有多少人知晓？
世纪之末，我在中科院经历了那个世界生命科学的研究范式转变时期，跨越国内和海外经历，思来想去，不知是否写的什么，但不知写了会有什么样反响，以史为鉴，还是将这段经历写下，也许为中国年轻科学家未来的创新之路可提供一个抛砖引玉的作用。
上世纪80年代，大学毕业我任教动物学、医学遗传学和生药学等，开设了细胞生物学、心理学和生物学哲学讲座。当时，中国科学和哲学界的系统科学和科学学研究热潮，许多系统科学、科学哲学著作翻译出版。90年代，我参加国内举办的全国、国际学术研讨会，发表系统科学的结构论等系列文章，提出系统医药学、系统生物工程等概念和方法。1994年中科院发育所筹建中国转基因动物学会，卢嘉锡题词的《转基因动物通讯》月报出版发行，因稿源之故，1994年-1996年连续刊载了结构论的系列文章中涉及生物学、医学等 - 其中，包括系统生物工程、系统遗传学概念和系统医学观点等。
1994年我来到中科院微生物研究所基因生物技术中心，一是在微生物研究所的基因合成、测序和差异显示分析等实验室工作，二是筹办转基因动物学会和国际学术会议。正值中科院建立国内最早的互联网，中科院微生物研究所有了电子邮箱，由于负责筹备与组织第一届国际转基因动物学术研讨会担任秘书长， Medline的光盘检索和北京图书馆外文期刊提供了获得大量国外科学家email地址的条件，大量的文献和通讯工作，因而开始了直接与国外科学家的通信交流。
当时，我确实无意要提新的学科或新的学科词汇，甚至也无意要发表研究论文。我同大多数年轻科学家一样主要想的是联系出国留学，在通信中也就自然谈论我的有关转基因禽类输卵管生物反应器、生物系统论等。由于国际转基因动物学术研讨会的召开，会上我用投影片讲述了遗传学、生物工程的系统论观点等，因筹建国际转基因动物学会，1997年到了海外我继续与更广泛的国外科学家通信。
后来，由于种种原因，筹建中国转基因动物学会的关键成员留学海外，国内继续举办国际会议直到国外的第1届国际合成生物学会议召开之后；然而，因在国外更方便的网景浏览，能够获得更多与生物科学相关的其它学科领域的资讯，我已经全面转到在国际上探讨系统生物科学与工程，并于1999年建立了英文网站和在Nature、Kybernetes等刊物和国际学会、网页刊登筹备2001年在北京举办国际会议等通知 – 倡导基于系统科学结构论的实验、计算与工程方法的生物系统与人工生物系统研究，这是在中国举办引领世界前沿科学的国际会议的第一次机会。
然而，国际科学界远比我们对系统生物学新的方法更敏感和反应更快，日本提前于2000年在东京召开，美国2000年在西雅图成立研究所。
2003年，国际系统生物学界，形成了系统论和实验、计算生物学整合研究生物系统的共识，也形成了合成生物学是基于工程方法的应用系统生物学研究人工生物系统的概念，2003年之后，国际刊物Nature、Cell、Science等大量理论性论文，基本上就是围绕这个核心观点展开的论述。
到2008年系统生物科学的各分支学科概念、原理和方法，以及研究中心、实验室、系所等在国际、国内科学界已经纷纷建立起来。2009年，我筹建香山科学会议系统遗传学会议，联络了中科院和许多重点大学相关的研究员、教授，然而，又一次输给了荷兰 – 第二次引领世界前沿科学会议的机遇。
提出的一个思考问题是：新的技术革莫道不消魂命 – 系统生物技术，生物太阳能、生物计算机、生物反应器的研究开发，大规模的天然药物次生代谢分子淘金，驱动的将是第3次产业革莫道不消魂命（国际上提法）等，教育、研究与产业体制我们已经准备好了吗？

- 我心中的中国科学院 -
曾杰（邦哲）2011年6月19日

欲飞的地球

biomachine — Sun, 15 May 2011 07:02:39 +0000

中国最可能或有利的全球化模式：

[北美-欧盟]-{[南美（巴西）-非洲（南非）]-[俄半夜凉初透国-南亚（印度）]}-[东亚-澳洲]，以金砖国家为互动，建立创新型教育、科技与产业。

金砖国家（BRICs）– 依民族和地缘关系看：（俄半夜凉初透国-印度）、（巴西-南非）的关系比较密切。

简单公式 - 人类史

biomachine — Sun, 15 May 2011 06:48:12 +0000

以简单公式表述人类史：

{非洲-中东-亚洲}->{欧洲->[北美-澳洲]-[南美-俄半夜凉初透国（东欧）]}

新中国成立、民族独立，走向现代化，经历与苏联（东欧）、美国、印度（南亚）建立良好关系，才能成功走向创新型模式。

其中：
（东、西）罗马->（东、西）欧洲，1990年德国统一、1991苏联解体、1993年欧盟成立，美国-欧盟成为轴心，2007年金融危机。

漂移的银河系

biomachine — Tue, 10 May 2011 04:24:19 +0000

地球文明：欧洲-[非洲、中东、亚洲]为中心地带，北美\\澳洲、南美-俄半夜凉初透国为16世纪欧洲延伸到环太平洋。

欧洲的全球化：从地中海东岸的以色列（中东）到太平洋西岸的中国。

看世界角度不同，决策有差别，非洲、印第安人的过去，福建的华侨博物馆，值得我们深思。

地球已是一个村 – 或者地球是一梭太空船，或者地球就是挪亚方舟。

发现外星生命：会不会因银河的太阳系运行偏离，或者在宇宙中的漂移，或者其它星系漂移过来，导致与外星人相遇？

创新型9大标志

biomachine — Tue, 10 May 2011 00:30:35 +0000

教育 – 1）人文、伦理精神，2）逻辑思维、科学技术能力，3）创造力、实践能力教育。
科技 – 1）国际期刊出版，2）数据库、国际文献库建设，3）科学仪器、科学方法创新。
产业 – 1）国际品牌、发明，2）企业、公司国际化发展，3）资本投入技术开发的强度。

世界的中国

biomachine — Wed, 04 May 2011 04:23:44 +0000

华人世界，不同时期出国、留学不同国家，形成一种奇特的文化心理生态，我是90年代出国，回国时常想起的是90年代末的记忆。
一种新观点的接受，由于习惯和传统，往往需要经历一段时间之后，才能发生转变。
依然记得96年在北京举办国际会议，我用投影片讲述系统论方法的遗传学和转基因生物技术研究时，国外科学家那种惊愕的眼神，我演讲的内容与当时科学界不相协调。
97年到99年，在国外实验室里我谈论多基因相互作用的复杂系统等观点时，遭遇的都是不予以赞成。直到大规模国际email通信后，首先得到赞成的是计算机科学和生物技术双料科学家，然后是计算机科学家、人工智能科学家，再后才是生物技术学家、生命科学家等，终于形成系统科学、计算机科学、生物技术等交叉探讨。
99年我在德国建立英文网站，当时惊讶一位物理学家的弦论网页链接我的结构论，回想起来最初的想法就是源自中学时代对物理学时空观、数学轨迹学的思考，与后来对认知心理、遗传信息、生物节律与中医子午流注等思考，应该是一以贯之的系统观。
03年我申请到基金会的科研经费之时，国际系统与合成生物学的概念已经形成，而我的兴趣却转移到了欧洲文化和艺术历史，大量西方现代画家资料的记述验证了我在国内时的想法 – 现代西方艺术受到东方文化的影响。
欧洲有时又称中国为“The Middle Kingdom”，由此，引发回国的想法。
在印度东北角有一支古代以色列约瑟后裔的部落，最初是在中国西南，然后迁徙到那里，09年美国犹太人告诉我他们已经移民到以色列。
犹太民族对世界文化和科学做出了巨大贡献，阿拉伯时期，将希腊文、中文等著作翻译成阿拉伯文，又将阿拉伯文翻译成拉丁文，从而文艺复兴的欧洲在东西方文化的交融中产生了近代科学。
以色列与地中海、中国与太平洋，当今世界的科技已经远远不是过去的形态，高科技使地球已经成为一体，中国与世界，人类的未来，我们不得不认真地思考与探索。

在这之后，将探讨的是中国与世界 – 科技与经济的未来发展趋势与策略。

当今世界高科技迅速发展，我们应该心系中华民族前途与利益的使命感，在关系国家和民族前景的重大战略性安全和重大支柱性产业的高尖端科技领域的研究、开发、管理与策划上做出贡献。

人生

biomachine — Fri, 01 Apr 2011 05:32:40 +0000

做诺贝尔那样的人，抑或为获诺贝尔奖，那是个人的选择。
只有不把个人的名利权放在心上时，才是人生真正的快乐。

文明之树

biomachine — Thu, 31 Mar 2011 08:15:31 +0000

希腊文化为全球文明贡献的典型代表是奥林匹克竞赛精神。古代中国文明的繁荣昌盛同样是得力于举贤天下士的锐意进取精神。欧洲，经历文艺复兴、宗教改革、科学探险、人本主义等，建构了全球化文明的人才格局。
民瑞脑消金兽主精神，建立在人本伦理学和科学的管理体制上，宗教改革 - 政教分离、信仰伦理化诠释。科学精神，建立在真理信仰与客观的探索精神上，科学建制 – 诸子百家的百科专业教育。
教育是社会主体专业人才培养的关键，也是产生非常规人才的基础。欧洲文艺复兴，最重要的是产生了世俗大学或市民大学，形成了最初的知识阶层。巴黎到伦敦的两岸建立的近现代型大学，为后来的整个文明近现代化奠定了根基。
人才的迁徙、人才的结构、人才的布局，往往影响一个地区、城市、国家的科技和经济实力。
从埃及、巴比伦、印度的古代文明，到轴心文化四大模式的奠基，中国、欧洲成为宗教与科学之间的哲学诠释和文明模式的创新中心。
中华文明，世界的唐人街应该是这个农业文明的反映，公元1640-1940年三百年，欧洲建立了工业文明的实验、系统科学理论和方法基础。
二战之后，新的欧洲移民导致美国成为世界新的科技中心。中国建立了民族独立国家，经历改革开放，造就了大批海外留学人才，建设创新型文化模式，将决定地球文明未来的科技中心。
教育模式是人才之树的根基，生长的土壤是文化历史，轴心文化– 犹太文化的律法传统、儒家文化的伦理传统、印度文化的精神内省、希腊文化的自然逻辑等构成树枝，科学与技术、产业是人才之树的开花、结果。
建立创新型模式：
1）、儒家经典的小学、中学、大学基础教育和公务员考试指标；
2）、引进大批海外科学家、管理专家，建立大学、研究机构和创业、产业园区建设；
3）、建立以产业化为目标的国家科技孵化器 – 实验、中试、融资、论坛、交易平台；
4）、建立以前沿科学创新、尖端技术开发的专项研究基金、投资鼓励资金等。

中国经济转型

biomachine — Sun, 20 Feb 2011 05:16:56 +0000

布什两次竞选、奥巴马的竞选，从开始就看出谁是赢家，因为美国的经济利益就是美国企业和公民的利益，谁最能获得选民的心意就能获胜。在西方国家作为少数民族的华人，海归是一种感情依托，大发展的中国也需要不同行业不同层次的各类人才回国建设。自然、社会与人文环境的建设与改善，教育、研究、产业的体制改革或转型，都需要一大批有民族理想和社会责任的科学家、思想家、企业家、金融家和法学家等，而在贡献才华的过程中实现人生的价值。
一、文化精神独立的社会工程
近代西方文明从神权社会向以资为本的工业化转型，国际社会的宗教冲突，依然体现西方文明的典型问题。近代中国从君权社会向现代以人为本的后工业化社会转型，需要转变教育、科技与产业领域的行政化问题。西方世界也许更需要点慈悲的佛家精神，中国需要更多的开拓竞争意识，民众的民族自我精神觉醒和公共社会责任需要参与社区的精神文化建设。
二、环境资源保护的生态工程
限制低端技术的耗能、耗资源和污染环境的产业，限制重复与拥挤冲突的过多消费型产业，鼓励促进与保护自主创新型高新技术企业的孵化与成长，扶植具有未来国际竞争力的企业发展成为跨国公司。美国的金融危机，可能象征美国经济走向衰落时期，中国能否成为未来的新兴文明典范，决定于高尖端科技和管理人才的引进与发挥作用，建立中西合璧的文化和新型工业模式。
三、富民生活实惠的居住工程
改善交通拥挤问题，限制炒作经济，健全房地产管理使居者有房。海外归国人才最大的困难是住房、医疗和养老保险，因为没有经历国内工作延续下来的积累，在房价也比海外绝对价格都要高的情况下，需要住房保障，又缺乏在海外的医疗和以年限的退休保险，以及公平客观的竞争规范等因素往往是影响海外人才全职回国的主要因素。
未来30年决定中国科技与产业全面振兴的关键时期，自主建立研究型大学、国际化期刊等，海外归国华人科学家肩负的责任重大。领佳节又重阳导世界科技潮流的国际期刊CNS（Cell-Nature-Science ）、数据库等，其中CN（Cell-Nature）等就是典型的媒体出版企业，但CNS远远不足以提供国际最新的研究进展，出现在CNS的研究领域往往已经是形成的潮流。
知识创新和艺术创意，成为以刊物、互联网、资讯、数据库、媒体、影视等信息化社会的文化形态产业。技术创新和财富创造，在后工业化社会体现在资源节约和投入产出的成效。通过货币和税务使企业和公民的商业与职业行为实际成为宏观经济行为管理。经济增长决定社会管理、国莫道不消魂家安人比黄花瘦全、科学研究和公共事业等经费，而尖端高新技术决定国家的国际安全和企业的全球市场；因此，高科技投入与成果产出、产业化发展的管理成效起决定作用。

科技创新 – 科学研究的创新方法

biomachine — Fri, 18 Feb 2011 02:08:36 +0000

英美以CNS（Cell-Nature-Science ）国际期刊、数据库和SCI、IEE检索等领佳节又重阳导世界科技，创新科技意味建立研究型大学、期刊国际化和知识创新的责任重大。

在北京1996年之所以举办第1届国际转基因动物学术研讨会，当时反对的意见是海外探讨转基因动物研究的国际会议已有许多，但国际上没有用第1届署名之会议，相应，尽管有罗斯林等研究所，因而称署名之转基因动物研究所的为第1家（有一定广告目的）也无妨。

2000年Kitano发布第1届系统生物学国际会议通知及论文集的第1篇论文，2001年发表Hood的第1篇系统生物学论文及之后的讲演，存在明显的错误，难道是因我筹备协会和会议采用第1届的影响吗？

然而，我之所以在国际上筹备系统生物科学与工程协会和第1届会议，是因为国际上并无系统生物科学与工程协会和署名第1届的会议。

我探讨生物系统的结构与形态发生动力学的结构论原理，从系统生态学、系统生理学到系统遗传学，从系统生物学到系统生物工程，然后系统生物科学、生物系统科学，也是逻辑的必然。

高半夜凉初透考我数学98分，外加参考题也正确解答，但写在草稿纸上而生物学97分实际是最高分，这也是我老师建议填报生物学系的原因。初中全校数学速度竞赛第2名，高中全县语文和数学竞赛我总分第2名、数学也是第2名，第1名仍然是速度竞赛第1名的同学，他考进清华核物理学专业直到博士毕业，我中学物理学总是比他强,老师请我曾经为同年级期考设计了2个题目。

因此，大学期间仍然依恋数、理解题的乐趣，在生物进化理论、遗传学和理论生物物理学中的生物控制论、非平衡热力学中寻找数学、物理学的逻辑与规律。

我从厦薄雾浓云愁永昼门大学85年毕业，86年写成约30万字结构论，91-93年以分篇论文在全国和国际会议等阐述，当时学术界很严谨和对知识很尊重。97年留学读博士到03年拥有课题研究经费（grant-holder），依然是本职工作之外的探讨。

组织国际会议或是系统生物科学研究，都是私人行为和私人经费；因此，创新难在研究经费和实验研究平台，对年轻科学家创新思维、创新课题的资助应该是创新科技发展的重要方面。

创新本身实际并非很难，关键是阅读到最新文献或资料，知道国际最新的研究和成果，世上没有完美也没有科学顶峰，因而总是可以在前人基础上提出更新或更好的研究。

但是，难在改变常规的思维定势，尤其在你的观点与主流社会格格不入之时，需要克服非常大的障碍和阻力，从95年到99年国际社会一样，到了99年已经逆转而涌现成为一种新潮流，从而2000年Kitano举办系统生物学会议，92年建立分子生物技术系的Hood在2000年建立系统生物学研究所。